Докато Марио и Пийч посетиха Йоши в Земята на динозаврите, Баузър откри нов източник на енергия, известен като магически кристали, които имат силата да направят собственика си по-силен от всякога. С тази сила в ръка, Боузър е отвлякъл принцеса Праскова и всички приятели на Йоши, така че екипът Марио и Йоши решават да се впуснат в приключение, за да ги спасят!