Всеки епизод има девет нива (осем редовни и последно ниво на шеф), плюс тайно ниво, активирано от скрит ключ някъде в първите осем нива. Редовните нива често изглеждат като лабиринт или големи зони с много врагове (броят им във всяка зона зависи от нивото на трудност), където играчът трябва да стигне до изходния асансьор. За да направи това, той трябва да убива врагове (въпреки че е възможно да се движи зад пазачите и дори има лек бонус да ги атакува отзад, повечето врагове трябва да се справят с огнева мощ) и в зависимост от нивото, активирайте „бутане стени“ и/или вземете сребърни и златни ключове за отваряне на определени врати.
В нивото се намират много артикули, от аптечки, ястия и дори храна за кучета (за възстановяване на здравето), амуниции и съкровища, които съществуват само срещу точки. Има четири оръжия (нож, пистолет, картечница и Gatling - лека картечница). Ножът и пистолетът се дават в началото на нивото, докато картечницата или се намира (обикновено в тайни зони), или се взема от SS войник, а Gatling винаги се пуска някъде в нивото. Има пет вида врагове (освен шефовете) - Кучета (бързи, но по-скоро неприятни, отколкото животозастрашаващи), Войници (облечени в обичайните кафяви дрехи, не много мощни, но обикновено се срещат в големи групи), Офицери ( облечени в бяло, въоръжени с много точен пистолет и трудни за убиване), SS войски (сини дрехи, въоръжени с картечници и трудни за убиване) и мутанти (най-редките и най-твърди редовни врагове, бледоглави войници със зелени дрехи и картечници).
Героят на играча има няколко живота; след като загуби последния си живот, играта свършва.
Играта се състои от осем различни нива и ето кратко описание на всяко ниво:
- "Бягство от Wolfenstein" - Първото ниво на играта, което служи като въвеждащо ниво. Играчът започва в килията си и трябва да намери начин да избяга от затвора.
- "Операция: Айзенфауст" - В това ниво играчът трябва да намери и унищожи майстор нацистки учен на име д-р Шабс, който работи върху създаването на супер-войник.
- "Умри, фюрер, умри!" - В това ниво играчът трябва да намери и убие Адолф Хитлер.
- "Тъмна тайна" - В това ниво играчът трябва да намери тайна лаборатория, в която се помещава таен нацистки технологичен проект.
- "Следата на Лудия" - В това ниво играчът трябва да следва следите на луд нацистки генерал на име Гретел Гросе.
- "Конфронтация" - В това ниво играчът трябва да победи трима нацистки генерали: Ханс Грос, д-р Шабс и Гретел Грос.
- "Върнете се в опасност" - В това ниво играчът се връща в крепостта, за да унищожи останалите нацисти.
- "Крайно предизвикателство" - Последното ниво на играта, където играчът трябва да победи главния нацистки лидер и да избегне смъртта, докато побеждава последните опоненти.
Контроли за Wolfenstein 3D варират в зависимост от платформата, на която играете играта. Ето основните контроли, използвани в повечето версии на играта:
Движение на героя - Използвайте клавишите със стрелки или клавишите W, A, S и D на вашата клавиатура, за да преместите героя си напред, назад, наляво или надясно.
Сменете оръжията - Използвайте клавишите на цифровата клавиатура от 1 до 9, за да смените оръжията. Всяко оръжие има свой собствен бутон.
Стрелба - Използвайте интервала на клавиатурата, за да стреляте с оръжието си.
Взаимодействие с обекти - Използвайте клавиша Shift или Control, за да отворите врати, да вземете предмети или да натиснете бутони.
Карта - Използвайте клавиша Tab на клавиатурата, за да разглеждате картата на нивата.