Hjælp Ninja Turtles med at redde April, der lige er blevet kidnappet af en mystisk og uhyggelig ånd. Når du har valgt din karakter (Mikey, Raph, Leo eller Donnie), tag dit våben og brug alle dine ninjafærdigheder til at besejre dine fjender. Din evne til at gemme sig i skyggerne vil være nøglen til din succes.