Hver episode har ni niveauer (otte almindelige og et sidste boss-niveau), plus et hemmeligt niveau aktiveret af en skjult kontakt et sted i de første otte niveauer. Regelmæssige niveauer har ofte udseende af en labyrint eller store områder med mange fjender (antallet af dem i hvert område afhænger af sværhedsgraden), hvor spilleren skal nå udgangselevatoren. For at gøre dette skal han dræbe fjender (selvom det er muligt at bevæge sig bag vagterne, og der er endda en lille bonus ved at angribe dem bagfra, de fleste fjender skal håndtere ildkraft), og afhængigt af niveauet, aktivere "pushing" vægge" og/eller få sølv- og guldnøgler til at åbne visse døre.
Mange genstande findes i niveauet, lige fra medikits, måltider og endda hundefoder (for at genoprette sundheden), ammunition og skatte, som kun eksisterer for point. Der er fire våben (kniv, pistol, maskingevær og Gatling - let maskingevær). Kniven og pistolen gives i starten af niveauet, mens maskingeværet enten findes (normalt i hemmelige områder) eller tages fra en SS-soldat, og Gatlingen bliver altid droppet et sted i niveauet. Der er fem typer fjender (udover cheferne) - Hunde (hurtige, men mere til gene end livstruende), soldater (klædt i det sædvanlige brune tøj, ikke særlig magtfuldt, men normalt fundet i store grupper), betjente ( klædt i hvidt, bevæbnet med en meget præcis pistol og svær at dræbe), SS-tropper (blåt tøj, bevæbnet med maskingeværer og svært at dræbe) og mutanter (de sjældneste og hårdeste regulære fjender, bleghovedede soldater med grønt tøj og maskinpistol).
Spillerkarakteren har flere liv; når han mister sit sidste liv, er det slut.
Spillet består af otte forskellige niveauer, og her er en kort beskrivelse af hvert niveau:
- "Flugt fra Wolfenstein" - Det første niveau i spillet, der fungerer som et indledende niveau. Spilleren starter i sin celle og skal finde en måde at flygte fra fængslet.
- "Drift: Eisenfaust" - På dette niveau skal spilleren finde og ødelægge en mester nazistisk videnskabsmand ved navn Dr. Schabbs, som arbejder på at skabe en super-soldat.
- "Dø, Fuhrer, Dø!"- I dette niveau skal spilleren finde og dræbe Adolf Hitler.
- "En mørk hemmelighed" - På dette niveau skal spilleren finde et hemmeligt laboratorium, der huser et hemmeligt nazistisk teknologiprojekt.
- "Sporet af galningen" - På dette niveau skal spilleren følge sporene af en gal nazistisk general ved navn Gretel Grosse.
- "Confrontation" - På dette niveau skal spilleren besejre tre nazistiske generaler: Hans Gross, Dr. Schabbs og Gretel Gross.
- "Vend tilbage til fare" - I dette niveau vender spilleren tilbage til fæstningen for at ødelægge de resterende nazister.
- "Ultimate udfordring" - Det sidste niveau i spillet, hvor spilleren skal besejre den vigtigste nazistiske leder og undgå døden, mens han besejrer de sidste modstandere.
Kontrol til Wolfenstein 3D varierer afhængigt af den platform, du spiller spillet på. Her er de grundlæggende kontroller, der bruges i de fleste versioner af spillet:
Karakterbevægelse - Brug piletasterne eller tasterne W, A, S og D på dit tastatur til at flytte din karakter frem, tilbage, til venstre eller højre.
Skift våben - Brug taltastaturet 1 til 9 til at skifte våben. Hvert våben har sin egen knap.
Skydning - Brug mellemrumstasten på dit tastatur til at affyre dit våben.
Interaktion med objekter - Brug Shift- eller Control-tasten til at åbne døre, samle genstande op eller trykke på knapper.
Mapa - Brug tabulatortasten på dit tastatur til at gennemse niveaukortet.