Mentre Mario e Peach visitano Yoshi a Dinosaur Land, Bowser trova una nuova fonte di energia nota come Magic Crystals che ha il potere di rendere il suo proprietario più forte che mai. Con questo potere in mano, Bowser ha rapito la Principessa Peach e tutti gli amici di Yoshi, quindi il team Mario e Yoshi decidono di partire per un'avventura per salvarli!