Cada episódio tem nove níveis (oito regulares e um nível de chefe final), além de um nível secreto ativado por um interruptor oculto em algum lugar nos primeiros oito níveis. Os níveis regulares costumam ter a aparência de um labirinto ou grandes áreas com muitos inimigos (o número deles em cada área depende do nível de dificuldade), onde o jogador deve chegar ao elevador de saída. Para fazer isso, ele deve matar os inimigos (embora seja possível se mover atrás dos guardas, e há até um pequeno bônus de atacá-los por trás, a maioria dos inimigos tem que lidar com poder de fogo) e, dependendo do nível, ativar "empurrar paredes" e/ou obter chaves de prata e ouro para abrir certas portas.
Muitos itens são encontrados na fase, desde medikits, refeições, e até ração de cachorro (para restaurar a saúde), munição e tesouro, que existem apenas por pontos. Existem quatro armas (faca, pistola, metralhadora e Gatling - metralhadora leve). A faca e a pistola são dadas no início do nível, enquanto a metralhadora é encontrada (geralmente em áreas secretas) ou retirada de um soldado SS, e o Gatling sempre cai em algum lugar do nível. Existem cinco tipos de inimigos (além dos chefes) - Cães (rápidos, mas mais incômodos do que fatais), Soldados (vestidos com as habituais roupas marrons, não muito poderosos, mas geralmente encontrados em grandes grupos), Oficiais ( vestidos de branco, armados com uma arma muito precisa e difícil de matar), tropas SS (roupas azuis, armadas com metralhadoras e difíceis de matar) e mutantes (os inimigos regulares mais raros e difíceis, soldados de cabeça pálida com roupas verdes e metralhadoras).
O personagem do jogador tem várias vidas; uma vez que ele perde sua última vida, o jogo acaba.
O jogo consiste em oito níveis diferentes, e aqui está uma breve descrição de cada nível:
- "Fuga de Wolfenstein" - O primeiro nível do jogo que serve como nível introdutório. O jogador começa em sua cela e deve encontrar uma maneira de escapar da prisão.
- "Operação: Eisenfaust" - Neste nível, o jogador deve encontrar e destruir um mestre cientista nazista chamado Dr. Schabbs, que está trabalhando na criação de um supersoldado.
- "Morra, Führer, morra!" - Nesta fase o jogador deve encontrar e matar Adolf Hitler.
- "Um Segredo Obscuro" - Nesta fase, o jogador deve encontrar um laboratório secreto que abriga um projeto secreto de tecnologia nazista.
- "trilha do louco" - Neste nível, o jogador deve seguir os rastros de um general nazista louco chamado Gretel Grosse.
- "Confronto" - Nesta fase, o jogador deve derrotar três generais nazistas: Hans Gross, Dr. Schabbs e Gretel Gross.
- "Retorno ao Perigo" - Neste nível, o jogador retorna à fortaleza para destruir os nazistas restantes.
- "Desafio final" - O último nível do jogo onde o jogador deve derrotar o principal líder nazista e evitar a morte enquanto derrota os últimos adversários.
Controles para Wolfenstein 3D variam dependendo da plataforma em que você joga o jogo. Aqui estão os controles básicos usados na maioria das versões do jogo:
movimento do personagem - Use as setas ou as teclas W, A, S e D do teclado para mover seu personagem para frente, para trás, para a esquerda ou para a direita.
mudar de arma - Use as teclas numéricas de 1 a 9 para trocar de arma. Cada arma tem seu próprio botão.
Filmagem - Use a barra de espaço do teclado para disparar sua arma.
Interação com objetos - Use a tecla Shift ou Control para abrir portas, pegar itens ou pressionar botões.
Mapa - Use a tecla Tab no teclado para navegar no mapa de nível.