Пока Марио и Пич посетили Йоши в Стране динозавров, Баузер нашел новый источник энергии, известный как Магические кристаллы, которые способны сделать своего владельца сильнее, чем когда-либо. Обладая этой силой, Баузер похитил принцессу Пич и всех друзей Йоши, поэтому команда Марио и Йоши решает отправиться в приключение, чтобы спасти их!