Dok su Mario i Peach posjetili Yoshi u zemlji dinosaura, Bowser je pronašao novi izvor energije poznat kao Čarobni kristali koji imaju moć da njegovog vlasnika učine jačim nego ikad. S tom snagom u ruci Bowser je oteo Princess Peach i sve Yoshijeve prijatelje, pa su tim Mario i Yoshi odluči ići na avanturu da ih se spasi!
