Medan Mario och Peach besökte Yoshi i Dinosaur Land, hittade Bowser en ny kraftkälla känd som Magic Crystals som har kraften att göra sin ägare starkare än någonsin. Med denna makt i handen har Bowser kidnappat prinsessan Peach och alla Yoshis vänner, så teamet Mario och Yoshi bestämmer sig för att ge sig ut på ett äventyr för att rädda dem!
