Поки Маріо та Піч відвідали Йоші в Країні динозаврів, Боузер знайшов нове джерело енергії, відоме як магічні кристали, які мають силу зробити свого власника сильнішим, ніж будь-коли. З цією силою в руках Боузер викрав принцесу Піч і всіх друзів Йоші, тому команда Маріо та Йоші вирішують відправитися в пригоду, щоб врятувати їх!
